1、两者目的不同：国家补偿，是指国家对国家机关及其工作人员的合法行使职权行为对公民造成的损失给予的补偿。补偿的目的在于对作出利益让步的公民、法人或者其他组织的损失进行补救。国家赔偿是指国家机关及其工作人员因行使职权给公民、法人及其他组织的人身权或财产权造成损害，依法应给予的赔偿。赔偿的目的在于保障和监督国家机关有效实施行政管理。
2、两者发生的基础不同：补偿是基于合法行为发生的，赔偿是基于违法行为发生的。在征地拆迁过程中，只要有征地拆迁就必然会有补偿，而不一定会有赔偿;只有在国家机关及其工作人员的违法行为对公民合法权益造成损害的情况下，才可能产生赔偿。
3、两者责任承担方式不同;征地拆迁中，补偿的方式主要有货币补偿和产权调换两种;赔偿则以金钱赔偿为原则，以其他手段为例外。给大家举个例子，征地拆迁案件在只涉及到补偿的情况下，若当事人主张产权调换，则实现的可能性会很高;若征地拆迁案件进入赔偿程序，那么当事人主张产权调换，实现的可能性较之于补偿会低很多。
4、两者发生时间不同，赔偿发生在损失实际发生之后，补偿并不要求实际损害发生。如房屋被征收，在未被强拆的情况下，当事人可以主张补偿;而在房屋被违法强拆后，当事人可以主张赔偿。
5、两者所依据的法律不同。征地拆迁中，行政补偿所依据的法律主要是《土地管理法》《土地管理法实施条例》《国有土地上房屋征收与补偿条例》《国有土地上房屋征收评估办法》等，行政赔偿所依据的法律主要是《行政诉讼法》《国家赔偿法》等。
